B2B医药平台是主要服务于医药B端，提供药品信息发布、在线采购、在线交易、在线支付、药品跟踪、配合地面仓储和物流等医药流通服务，实现信息流、资金流、物流高度协同的服务平台。B2B医药平台主要为机构服务，其采购方主要为医院、基层医疗机构、零售药店等。
我国医药B2B的企业从运作的商业模式上可以分为三类：买方主导型的平台、卖方主导型的平台和第三方交易平台。买方主导型商业模式，运行方式以地方政府主管部门开办和经营为进行从事监管职能，其本质上是事业单位，靠的是财政的政策性拨款，很少或者不收费用；其二是卖方主导型商业模式，经营主体多为代理商或者医药厂商，企业参与到实体交易中，开展电子商务的主要目的是扩大其所经营的医药产品销售，以及利用网络平台进行上游供应商与下游的客户关系管理，盈利方式主要贸易差价、网络广告费用实现盈利；其三是第三方平台商业模式，自身通常不参与药品的交易，仅为医药产品的买卖双方提供交易服务，凭借收取市场推广服务费用、参与交易的企业会员费、为企业提供的其他增值服务费盈利。
医药B2B行业尽管融入了互联和电子商务因素，其产业链依然是围绕着医药行业最本质的内容展开，同样可以分为四个版块。
上游顶端是医药研发与开发阶段，这是医药B2B的发端，一般是指医药产品研究所、高等医药院校以及医药企业研究与开发部门，这些药研机构主要是为药品的生产、加工和制造企业提供智力服务、技术服务；紧接着就是医药产品的生产与制造环节，这是一个比较复杂的环节，包含着中药材的种植、养殖、采摘、收获和西药的原、辅、包材的生产，医疗器械的生产，以及试剂、生物医药的生产；第三阶段就到了医药产品流通与交换环节，包含着两大块，其一就是产品的品牌商、分销商，另外一块就是各种类型的销售终端，比较常见有医院、诊所、连锁药店、个人诊所、健康中心等；最后就到了医药产品的服务与消费阶段，实现医药生产的最终价值，这里面的B包含社区和诊所，当然消费端少不了个人消费者，对于医药B2B产业链，除了以传统医药产业链延展出来的各种B，在外围还有提供物流仓储的企业，提供质押、贷款的金融公司，以及行情资讯、在线交易的点在商务平台，这也是医药B2B行业区别于传统医药行业最重要的特征。
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