电子商务采购程序主要包括：采购前的准备工作、采购中供需双方的磋商、合同的制定与执行、交付与清算等环节。
对于采购商来说，采购前的准备过程就是向供应商进行宣传和获取有效信息的过程。在网络环境条件下，将演变成供应商积极把自己产品的信息资源(如产品价格、质量、公司状况、技术支持等)在网上发布，企业则随时上网查询并掌握自己所需要的商品信息资源。
双方推拉互动，共同完成商品信息的供需实现过程。在网络环境中，信息的交流通常是通过登陆和浏览对方的网站和主页完成，其速度和效率是传统方式所无法比拟的。采购前的信息交流主要是企业对供应商的产品价格和质量进行了解。因此，价格在很大程度上决定着采购决策。
过程在网络环境下，传统采购磋商的单据交换可以演变为记录、文件或报文在网络中的传输过程。各种网络工具和专用数据交换协议自动地保证了网络传递的准确性和安全可靠性。企业一旦选择了合适的能保证最佳产品质量、最合理价格、最优质服务的供应商，就可以在网上与其进行磋商、谈判。
各种商贸单据、文件(如价目表、报价表、询盘、发盘、订单、订购单应答、订购单变更要求、运输说明、发货通知、付款通知、发票等)在网络交易中都变成了标准的报文形式，减少了漏洞和失误，规范了整个采购过程。
磋商过程完成之后，需要以法律文书的形式将磋商的结果确定下来，以监督合同的履行，因此双方必须以书面形式签订采购合同。这样一方面可以杜绝采购过程中的不规范行为，另一方面也可以避免因无效合同引起的经济纠纷。
因为网络协议和网络商务信息工具能够保证所有采购磋商文件的准确性和安全可靠性，所以双方都可以通过磋商文件来约束采购行为和执行磋商的结果。
采购完成以后，货物人库，企业要与供应商进行支付与结算活动。企业支付供应商采购价款的方式目前主要有两大类：
一类是电子货币类，包括电子现金、电子钱包和电子信用卡等；
另一类是电子支票类，如电子支票、电子汇款、电子划款等。前者主要用于企业与供应商之间的小额支付，比较简单；后者主要用于企业与供应商之间的大额资金结算，比较复杂。
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